L'aquaculture désigne les activités de culture en milieu aquatique, tandis que l'hydroponie, ou agriculture hors-sol, est la culture de plantes dans une matière neutre et inerte comme le sable ou l'argile.

Basée sur ces deux concepts, l'aquaponie se présente sous la forme d'un système clos qui cherche à arroser des cultures hors-sol par l'eau d'élevage des poissons. Les composés azotés et phosphorés rejetés par les poissons représentent en effet de l'engrais pour les plantes cultivées.

Pour permettre le fonctionnement et la pérennité de cet écosystème, le juste équilibre doit être trouvé dans la population de poissons, la nourriture apportée, la population bactérienne et la végétation cultivée.

Des projets inspirés par ces développements commencent désormais à fleurir un peu partout en Europe.